Хранитель Н.А. Красных

Насчитывает 2691 экземпляр. Содержит выдающиеся образцы таксидермического искусства, в том числе крупнейшее в России собрание чучел, изготовленных в мастерской Ф.К. Лоренца. Несомненную мемориальную и художественную ценность имеют работы известных таксидермистов Ф.Е. Федулова, Д.Я. Федулова, Н.К. Назьмова. Непревзойденные по качеству изготовления чучела африканского и индийского слонов, моржа, льва, смонтированные Ф.Е. Федуловым, украшают залы музея. 

Научный интерес представляют подборки чучел по природной изменчивости куньих (соболя, лесные куницы, хорьки и др.) и белок. В коллекции широко представлены чучела различных видов диких кошачьих (леопарды, тигры, гепарды, рыси, манулы), в том числе уникальные экземпляры черной и белой рыси. Наибольший научный интерес представляют обширные подборки по географической и индивидуальной изменчивости лис и волков. Также коллекция содержит значительное количество чучел лис с различными вариантами окраски, сделанных из шкур животных, разводимых в зверосовхозах. Этот материал целенаправленно подбирался основателем музея А.Ф. Котсом в целях широкой демонстрации в экспозиции. 

Обширна подборка чучел приматов, содержащая пять чучел горилл, двенадцать чучел шимпанзе, двенадцать чучел орангутанов, большое количество чучел низших обезьян и лемуров, среди которых следует отметить четыре чучела руконожки. Эти материалы были приобретены А.Ф. Котсом в различных европейских фирмах. 

В коллекции представлены многие виды медведей. Большую научную и историческую ценность представляют чучела тибетского бурого медведя (выставлено в экспозиции) и антилопы оронго, сделанные из шкур животных, добытых в Тибете Н.М. Пржевальским, а также белки (аберрация белопоясная), добытой в 1906 г. в Уссурийском крае В.К. Арсеньевым. 

Значительная часть чучел млекопитающих отечественной фауны изготовлена из шкур, поступивших из Московского пушно-мехового холодильника. Среди представителей экзотической фауны особое место занимают приобретения 1913 г., сделанные во время зарубежной поездки А.Ф. Котса и поступления 1920 г. из коллекции А.С. Хомякова. Среди них есть интересные образцы западноевропейской таксидермии и сборы известных зарубежных коллекторов и ученых. 

С момента основания в музее начала формироваться коллекция чучел домашних животных, которые редко встречаются в естественнонаучных музеях. Большая подборка различных пород собак демонстрирует широкие возможности искусственного отбора и сохраняет образцы старых породных стандартов. Чучела домашних кошек, морских свинок и кроликов фиксируют результаты генетических экспериментов, проводимых в питомнике музея П.П. Смолиным. 

В последние годы коллекция значительно пополнилась чучелами мелких грызунов и насекомоядных, изготовленных из шкурок животных, добытых сотрудниками музея в экспедициях. 

Ежегодно фонды музея пополняются благодаря сотрудничеству с Московским зоопарком и частными питомниками.

Обширность и разнообразие коллекции чучел млекопитающих позволяет создавать постоянные и временные экспозиции практически на любую тему, имеющую отношение к естественной истории.