Насчитывает 1230 экземпляров. В коллекции шкур наибольший интерес представляют природные аберративные формы лис, а также большая подборка шкур лис, песцов, соболей, норок, куниц, полученных при вольерном и клеточном разведении на зверофермах и в зверосовхозах. Подобраны все выводимые породы и кряжи норок, соболей, лис, песцов. Также стоит отметить хорошие серии шкур крупных хищных млекопитающих: волков, тигров, леопардов, рысей, бурых медведей из различных регионов России и сопредельных территорий. Заслуживают внимания большие выборки по изменчивости окраски меха кротов, белок и бурундуков.
Значительная часть коллекции собрана при содействии объединения Союзпушнина, сотрудничество с которым продолжалось более пятидесяти лет. К сожалению, большая часть этого материала не имеет сопроводительных научных данных, так как шкуры туда поступали от охотников-промысловиков с территории всего Советского Союза как пушно-меховое сырье. Шкуры экзотических животных поступали, главным образом, из Московского зоопарка.
В последние годы коллекция шкур пополнилась экспонатами, конфискованными у нарушителей природоохранного законодательства. Так, специнспекция «Тигр» передала музею четыре шкуры тигров, таможня «Шереметьево» – три шкуры зебр, а ОВД «Центральное» – шкуру снежного барса.